了解模擬掃描的第一步後，接下來就該了解掃描時的流程了。
電腦模擬掃描及模擬掃描的步驟有所不同，以下先說電腦模擬掃描的流程。
電腦模擬掃描的流程
電腦模擬掃描類似於放射部的電腦掃描儀器。不同之處在於電腦模擬掃描有外部的雷射線、掃描床是平板以及更大的洞口以容納放射治療的固定器。它主要產生3D立體影像，用作設計之用。
在確定好病人的姿勢後，放射治療師會移動掃描床，令房中的雷射線互相交集。這就是等中心點。這個點會在病人身體上形成三個十字（分別是水平兩側及人體正中的十字）。在雷射線的幫助下，治療師會在病人身上畫線，把 雷射線的位置複製在病人皮膚上。這些線，就是日後擺位的基礎。
然後，治療師會在病人身上貼上不透射線的記號（也就是在掃描下會顯示得非常明顯的物質，通常是金屬，或浸過顯影劑的布等），標記那上十字線，以便在影像中能夠看得到。
之後，正式掃描就會開始了。掃描的過程不會太久，通常是一分鐘內完成。千萬要記得維持自己的姿勢，不要動。因為一動，影像就會被影響，或是變得模糊，或是身體扭動了。這些都不是理想的情況。如果因此而需要重新再做一遍，一來花時間，二來躺在床上的時間更久，更不舒服，三來所吸收的輻射量更多。所以，請儘可能保持身體姿勢不變。
身體保持不動，是指由頭到腳，包括手指腳指，都不要動。或許你認為是很小的動作，卻不知道這些動作在影像中是非常明顯，影響亦很大。然而，必須要強調一點的是，身體不要動，不代表不呼吸，甚或閉氣。反而，從頭到尾都保持穩定的呼吸。尤其是當掃描床移動時，不要因而閉氣，這會令日後治療，正常呼吸時的位置與模擬掃描時不同。如果有需要控制呼吸，放射治療師會再指示你如何進行。如沒有特別提到，那請保持平穩的呼吸即可。
完成掃描後，治療師先檢查影像的質素，確保影像中沒有異常，才會進行後續工作。不過，模擬掃描的影像是作設計用途，並不是診斷用途，所以不要用問治療師關於影像的內容。一切請依從最初進步的診斷影像報告為主。
後續治療包括紋點及貼膠紙。隨著醫院的做法不同，這些步驟的先後次序或內容更是大相逕庭。大約的做法為用針在身上做紋點，然後會貼上膠紙保護那些線條和紋點。請向負責你治療的治療師查詢當中詳情。
最後，治療師會向你交代接下來的治療安排及交給你其他交件，請細心留意。
模擬掃描的流程
說完了電腦模擬掃描，是時候說明模擬掃描的做法了。
模擬掃描是電腦模擬掃描的初型。它的外型與放射治療機（即直線加速器）相似，用在模擬治療機的情況。它會產生平面2D X光影像，以用作設計之用。相比起電腦模擬掃描的3D影像，模擬掃描主要用作舒緩性放射治療，所需的要求相對較低，
模擬掃描的時間與電腦模擬掃描相近，同樣需要病友保持不要動，否則就不能得到穩定的影像了。模擬掃描的個案一般比較簡單，或者止痛，或是止血等。最後或會做紋點、貼上膠紙等，看起來很像電腦模擬掃描。
放射治療師會以X光去找出醫生想看到的範圍，然後量度該地方的身體厚度，以進行日後的治療計劃。與電腦模擬掃描不同的是 ，模擬掃描過程中，治療師會多來來回回往返掃描室及控制室。或是為了找出等中心點，或是找出身體厚度等。總之，作為病友，只需要無時無刻保持放鬆，身體不動，就足夠好了。
一般而言，病友只需要接受電腦模擬掃描或模擬掃描，兩者選一即可。當然，若有些醫院只有電腦模擬掃描器，就沒有選擇了。醫生及放射治療師會共同決定掃描的方式，你只需要放心去相應的地方即可。